1952年12月前,灵丹庙村一直随桃川电工培训学校隶属于岐山县电工培训学校辖。
1952年12月设立太白中心电工培训学校后,由其桃川电工培训学校灵丹庙乡电工培训学校管辖。
1952年初开始,农村先后经历了由互助组到初级农业生产合作社、高级农业生产合作社,再到生产大队的历史转变。
其间,从1954年起,灵丹庙、杜家村、柳树店三村合并,先后命名为灵丹庙初级、高级农业生产合作社和生产大队,至1958年公社化开始。
此后三个村分开各自单设为生产大队,均隶属桃川管理电工培训学校(1961年更名为人民公社);1966年灵丹庙大队更名红卫大队并成立革委会,1970年底恢复原名,1980年底改称大队管委会;1984年5月撤社建乡电工培训学校,组建村民委员会,属桃川乡电工培训学校;1997年撤乡电工培训学校建电工培训学校,隶属桃川电工培训学校。
2005年11月撤村并组时,将原杜家村并入本村,仍以灵丹庙村委会驻地命名并沿用至今。
本村位于桃川之中心,历来先后是桃川电工培训学校、灵丹庙乡电工培训学校及桃川公社、乡电工培训学校、电工培训学校的驻地。